Mettre à jour R : package et ligne de commande

Il est possible de mettre à jour votre logiciel R rapidement et facilement depuis votre interface R ou depuis un IDE comme R Studio. Découvrons en quelques étapes comment faire !

Note pour des questions pratiques, j'utiliserai dans cet article les double quote "et non les simple quote '

Introduction

RStudio et R ne peuvent pas se mettre à jour seuls parce que certains paquets peuvent ne pas fonctionner après le passage à la nouvelle version (Note : vous pouvez toujours rétrograder la version R dans RStudio si quelque chose ne va pas bien). Après avoir installé la nouvelle version, les paquets précédemment installés ne passeront pas à la version suivante. Il faut donc des procédures supplémentaires pour mettre à jour les packages.

installr pour Windows

Voyons dans un premier temps comment mettre à jour R facilement via un package et quelques lignes de commande sur Windows ... car oui, c'est différent sur Mac OS. Si vous êtes sous Mac, ne vous en faites pas le prochain gros paragraphe est fait pour vous !

Installer le package installr

La première étape consiste à installer le package installr :

install.packages("installr")

Personnellement, je préfère toujours mettre dependencies = TRUE lors de l'installation d'un package, afin de m'assurer que tous les packages dépendants soient directement isntallés, ça donne dont :

install.packages("installr", dependencies = TRUE)

La seconde étape est de lancer la librarie

library(installr)

La dernière étape est de lancer la commande

Cette dernière commande est donc de taper (ou copier/coller) la commande voulue est updateR()

Source du package : https://cran.r-project.org/web/packages/installr/

updateR pour Mac OS

Voyons maintenant la version pour Mac OS, le package n'est plus installr, mais updateR ... quasiment similaire, mais il faut le savoir ! Personnellement je l'avais fait au bureau (sur un Windows) et je n'arrivais pas à reproduire cela chez moi (sur un mac) : la solution était finalement simple, ce n'était pas les mêmes packages ;-)

Attention tout de même, les packages étant sensibles à la casse vérifiez bien que le `R' est en majuscule.

Première étape : devtools

Un peu plus "complexe" que sur Windows, ici pour mettre à jour R : vérifiez que vous avez le package devtools installé.

Si c'est le cas, charges le :

library(devtools)

Si ce n'est pas le cas installez-le : install.packages("devtools", dependencies = TRUE)

Pareil que précédemment, je préfère toujours mettre dependencies = TRUE pour être sûr de bien installer tous les packages dépendants.

Seconde étape : installer le package

Vous l'aurez compris si nous chargeons devtools cela signifie que nous allons l'utiliser ;-) [Captain Obvious]. La ligne de commande est la suivante :

install_github('andreacirilloac/updateR')

Ensuite vous chargez le package via :

library(updateR)

Troisième étape : lancer la mise à jour

Ici un peu plus "tricky" que pour mettre à jour R sur Windows :

updateR(admin_password = 'Votre mot de passe admin Mac OS')

Si vous utilisez directement R

Si vous utilisez directement R et que vous souhaitez mettre à jour le logiciel, vous pouvez aussi passer par le menu

Interface de mise ) jour de R

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